Tác động đối với nhà máy FDI

Tác động quan trọng nhất với nhà máy FDI có hàng hóa miễn thuế (máy móc nhập khẩu tạo tài sản cố định theo dự án đầu tư): kiểm tra sử dụng hàng hóa miễn thuế nay cũng chuyển sang hệ thống số, nghĩa là cơ quan hải quan có thể truy cập và đối chiếu dữ liệu nhanh hơn.

Nhà máy nào chưa có hệ thống lưu trữ chứng từ miễn thuế đầy đủ và có thể truy xuất nhanh sẽ gặp khó khăn khi có yêu cầu kiểm tra.

Việc cần làm

Kiểm tra hệ thống lưu trữ chứng từ nội bộ – tất cả tờ khai hải quan, chứng từ miễn thuế, hồ sơ hoàn thuế có ở định dạng điện tử và có thể nộp qua hệ thống của Hải quan không?

Nếu hiện đang lưu trữ chủ yếu bản giấy, cần số hóa và xây dựng quy trình lưu trữ điện tử chuẩn ngay trong Q3/2026.

Tác động đối với nhà máy FDI

Với nhà máy FDI, điều này có nghĩa là nợ thuế hải quan kéo dài (bao gồm thuế nhập khẩu, thuế VAT nhập khẩu chưa nộp) không chỉ dẫn đến phạt chậm nộp mà trong trường hợp cực đoan có thể dẫn đến yêu cầu mở thủ tục phá sản – một biện pháp có tác động pháp lý và uy tín nghiêm trọng.

Đồng thời, quy định mới cũng làm rõ việc kế thừa nghĩa vụ thuế khi doanh nghiệp chuyển đổi loại hình và bổ sung cơ chế xử lý đối với các khoản thuế đã được xóa nhưng phải phục hồi theo quyết định của tòa án. Với nhà máy FDI trong quá trình tái cơ cấu hoặc thay đổi mô hình hoạt động, đây là điểm cần tham vấn pháp lý trước khi thực hiện.

Việc cần làm

Rà soát ngay toàn bộ tình trạng nợ thuế hải quan hiện tại (thuế nhập khẩu, VAT nhập khẩu, các loại thuế đặc biệt nếu có). Nếu có bất kỳ khoản nào đang nợ quá hạn, xử lý ngay trong tháng 7 trước khi hệ thống cưỡng chế mới được áp dụng đồng bộ. Kiểm tra trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Hải quan về tình trạng nợ thuế của doanh nghiệp.

Tác động đối với nhà máy FDI

Với nhà máy FDI, điểm rủi ro cao nhất là các tờ khai có mã HS code phức tạp, trị giá hải quan từ giao dịch nội bộ tập đoàn (related party transactions), hoặc sử dụng C/O ưu đãi – ba nhóm mà như đã phân tích trong bài viết về kiểm tra sau thông quan, hải quan thường tập trung kiểm tra nhiều nhất.

Việc cần làm

Đây không phải việc cần làm ngay trong một tuần, nhưng là việc cần đưa vào kế hoạch compliance Q3/2026: tổ chức tự rà soát nội bộ hồ sơ hải quan từ 2023 đến nay, tập trung vào các tờ khai có giá trị lớn, mã hàng mới, hoặc sử dụng C/O ưu đãi. Nếu phát hiện sai sót, chủ động khai bổ sung trước khi bị phát hiện qua kiểm tra để được hưởng mức xử lý nhẹ hơn theo quy định.

Việc cần làm ngay trong tuần này

• Xác nhận hệ thống khai báo hải quan (nội bộ hoặc thông qua forwarder) đã được cập nhật sang mã cơ quan hải quan mới. Nếu khai báo qua bên thứ ba, yêu cầu forwarder hoặc đại lý hải quan xác nhận bằng văn bản.
• Kiểm tra tình trạng nợ thuế hải quan hiện tại trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Hải quan. Nếu có bất kỳ khoản thuế quá hạn nào, cần xử lý ngay trong tuần này.
• Thông báo cho bộ phận Kế toán và Tài chính về danh mục đầy đủ các loại thuế cần khai theo Thông tư 86 nhằm đảm bảo mẫu hóa đơn và chứng từ nội bộ phù hợp với quy định mới.

Việc cần hoàn thành trong tháng 7

• Rà soát template khai báo hải quan chuẩn để đảm bảo đầy đủ các trường thông tin cho toàn bộ các loại thuế theo Thông tư 86, đặc biệt đối với các mặt hàng chịu nhiều loại thuế đồng thời.
• Kiểm tra hệ thống lưu trữ chứng từ nội bộ nhằm đảm bảo tờ khai hải quan, chứng từ miễn thuế và hồ sơ hoàn thuế đều đã được lưu trữ dưới dạng điện tử và sẵn sàng nộp qua hệ thống Hải quan.
• Đối với các nhà máy có hàng hóa miễn thuế (máy móc, thiết bị nhập khẩu tạo tài sản cố định), cần kiểm tra lại danh mục tài sản miễn thuế, tình trạng sử dụng thực tế và toàn bộ chứng từ liên quan.
• Tham vấn chuyên gia pháp lý nếu doanh nghiệp đang trong quá trình tái cơ cấu hoặc chuyển đổi loại hình hoạt động, bởi quy định mới về kế thừa nghĩa vụ thuế cần được hiểu đầy đủ trước khi triển khai.

Việc cần đưa vào kế hoạch tuân thủ Quý III/2026

• Tổ chức rà soát nội bộ toàn bộ hồ sơ hải quan giai đoạn 2023–2026, tập trung vào các tờ khai có giá trị lớn, các mã hàng có rủi ro về phân loại HS và các tờ khai sử dụng C/O ưu đãi.
• Xây dựng quy trình số hóa chứng từ hải quan chuẩn nếu doanh nghiệp hiện chưa triển khai, ưu tiên nhóm hồ sơ miễn thuế và hoàn thuế.
• Theo dõi các hướng dẫn chi tiết về bốn nhóm người nộp thuế thuộc diện giám sát trọng điểm từ ngày 01/09/2026 để đánh giá mức độ rủi ro và có phương án chuẩn bị phù hợp.
• Cập nhật nội dung đào tạo nội bộ cho bộ phận Xuất nhập khẩu về các quy định mới, đặc biệt là khai thuế theo từng lần phát sinh và quy trình nộp hồ sơ điện tử.

Cần hỗ trợ cập nhật quy trình tuân thủ hải quan?

THT Cargo Logistics đồng hành cùng các nhà máy FDI trong việc rà soát quy trình khai báo hải quan theo quy định mới, kiểm tra hệ thống khai báo đã được cập nhật đầy đủ và chính xác, đồng thời tư vấn xử lý các tình huống phát sinh trong giai đoạn chuyển đổi.

Nếu doanh nghiệp của bạn cần đánh giá tổng thể quy trình xuất nhập khẩu và mức độ tuân thủ theo các quy định mới, hãy liên hệ THT Cargo Logistics để được đội ngũ chuyên gia hỗ trợ.