CÔNG VĂN 17769/CHQ-NVTHQ: HƯỚNG DẪN THỦ TỤC HẢI QUAN VÀ CHÍNH SÁCH THUẾ ĐỐI VỚI DOANH NGHIỆP CHẾ XUẤT (EPE)

Ngày 22/06/2026, Cục Hải quan ban hành Công văn số 17769/CHQ-NVTHQ nhằm hướng dẫn việc thực hiện thủ tục hải quan, chính sách thuế và xử lý đối với nguyên liệu, vật tư dư thừa, máy móc, thiết bị cũng như tài sản của doanh nghiệp chế xuất (EPE).

Đây là văn bản được nhiều doanh nghiệp FDI, doanh nghiệp chế xuất và các đơn vị hoạt động theo loại hình sản xuất xuất khẩu đặc biệt quan tâm vì làm rõ nhiều nội dung liên quan đến việc thanh lý hàng hóa, chuyển đổi mục đích sử dụng, nghĩa vụ thuế và chính sách quản lý hàng hóa.

1. Doanh nghiệp chế xuất được thanh lý những loại hàng hóa nào?

Theo hướng dẫn của Công văn 17769/CHQ-NVTHQ, doanh nghiệp chế xuất được quyền thanh lý đối với nhiều loại tài sản và hàng hóa thuộc sở hữu doanh nghiệp.

Các nhóm hàng hóa bao gồm:

• Máy móc, thiết bị.
• Phương tiện vận chuyển.
• Nguyên liệu.
• Vật tư.
• Các hàng hóa nhập khẩu khác thuộc sở hữu doanh nghiệp.

Doanh nghiệp có thể lựa chọn một trong các hình thức thanh lý sau:

• Xuất khẩu.
• Bán.
• Biếu, tặng.
• Tiêu hủy tại Việt Nam.

2. Thủ tục thanh lý đối với từng hình thức

a. Thanh lý theo hình thức xuất khẩu

Doanh nghiệp thực hiện thủ tục hải quan xuất khẩu theo quy định hiện hành đối với hàng hóa đưa ra khỏi lãnh thổ Việt Nam.

b. Thanh lý theo hình thức bán, biếu hoặc tặng

Đối với hình thức bán, biếu hoặc tặng, doanh nghiệp được lựa chọn một trong hai phương án sau:

c. Thanh lý theo hình thức tiêu hủy

Việc tiêu hủy hàng hóa được thực hiện theo quy định hiện hành và phải có sự giám sát của cơ quan hải quan trong toàn bộ quá trình tiêu hủy.

3. Chính sách thuế đối với nguyên liệu, vật tư dư thừa

Một trong những nội dung quan trọng được Công văn 17769/CHQ-NVTHQ hướng dẫn là chính sách thuế đối với nguyên liệu, vật tư dư thừa hoặc hàng hóa được chuyển sang mục đích sử dụng khác với mục đích sản xuất xuất khẩu ban đầu.

Theo hướng dẫn của Cục Hải quan, trường hợp nguyên liệu, vật tư dư thừa được bán, thanh lý hoặc chuyển sang mục đích sử dụng khác, doanh nghiệp phải thực hiện đầy đủ nghĩa vụ thuế theo quy định.

Điểm này đặc biệt quan trọng đối với doanh nghiệp chế xuất bởi nhiều doanh nghiệp vẫn nhầm lẫn rằng thuế sẽ được xác định theo thời điểm nhập khẩu ban đầu. Tuy nhiên, theo hướng dẫn tại Công văn 17769/CHQ-NVTHQ, thời điểm xác định nghĩa vụ thuế là thời điểm doanh nghiệp thực hiện chuyển đổi mục đích sử dụng.

4. Chính sách quản lý hàng hóa khi bán hoặc thanh lý tại Việt Nam

Ngoài chính sách thuế, Công văn cũng hướng dẫn rõ về chính sách quản lý hàng hóa khi doanh nghiệp chế xuất bán hoặc thanh lý hàng hóa tại thị trường Việt Nam.

Theo đó:

• Không áp dụng chính sách quản lý hàng hóa xuất nhập khẩu đối với hoạt động bán hoặc thanh lý.
• Tuy nhiên, doanh nghiệp vẫn phải đáp ứng đầy đủ các quy định về giấy phép, điều kiện nhập khẩu hoặc kiểm tra chuyên ngành nếu các thủ tục này chưa được thực hiện tại thời điểm nhập khẩu ban đầu.

5. Quy định đối với tài sản, máy móc và thiết bị miễn thuế của doanh nghiệp chế xuất

Đối với tài sản, máy móc và thiết bị được hưởng ưu đãi miễn thuế của doanh nghiệp chế xuất, Công văn tiếp tục nhấn mạnh yêu cầu quản lý đúng mục đích sử dụng.

Theo đó:

• Các tài sản, máy móc và thiết bị miễn thuế chỉ được sử dụng phục vụ hoạt động của chính doanh nghiệp chế xuất.
• Không được sử dụng cho các mục đích khác ngoài phạm vi hoạt động của doanh nghiệp.

Trường hợp doanh nghiệp có nhu cầu sử dụng cho mục đích khác, phải:

• Thực hiện khai báo thay đổi mục đích sử dụng.
• Hoàn thành đầy đủ nghĩa vụ thuế trước khi đưa tài sản vào sử dụng.

Quy định này nhằm đảm bảo việc sử dụng đúng chính sách ưu đãi đầu tư dành cho doanh nghiệp chế xuất, đồng thời hạn chế tình trạng lợi dụng chính sách miễn thuế để đưa tài sản vào sử dụng ngoài phạm vi được phép.

6. Quy định đối với doanh nghiệp chế xuất có vốn đầu tư nước ngoài

Đối với doanh nghiệp chế xuất có vốn đầu tư nước ngoài, Công văn 17769/CHQ-NVTHQ tiếp tục dẫn chiếu các quy định tại Nghị định 69/2018/NĐ-CP liên quan đến hoạt động tạm nhập tái xuất.

Theo đó:

• Doanh nghiệp chế xuất có vốn đầu tư nước ngoài không được thực hiện hoạt động kinh doanh tạm nhập tái xuất.
• Chỉ được thực hiện hoạt động tạm nhập tái xuất trong phạm vi pháp luật cho phép nhằm phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh của chính doanh nghiệp.

Doanh nghiệp cần phân biệt rõ giữa hoạt động phục vụ sản xuất nội bộ và hoạt động kinh doanh thương mại để tránh thực hiện sai loại hình, dẫn đến các rủi ro về thủ tục hải quan hoặc chính sách đầu tư.

Những điểm doanh nghiệp chế xuất cần đặc biệt lưu ý

Qua nội dung Công văn 17769/CHQ-NVTHQ có thể thấy cơ quan Hải quan tiếp tục nhấn mạnh việc quản lý chặt chẽ đối với hàng hóa miễn thuế, nguyên liệu dư thừa, máy móc thiết bị và các hoạt động thanh lý của doanh nghiệp chế xuất.

Để hạn chế rủi ro phát sinh trong quá trình hoạt động, doanh nghiệp nên chủ động:

• Rà soát toàn bộ quy trình quản lý tài sản và nguyên vật liệu miễn thuế.
• Kiểm tra đúng hình thức thanh lý trước khi thực hiện.
• Đánh giá nghĩa vụ thuế trước khi chuyển đổi mục đích sử dụng.
• Chuẩn bị đầy đủ hồ sơ phục vụ việc bán, thanh lý hoặc tiêu hủy hàng hóa.
• Kiểm tra điều kiện chuyên ngành đối với hàng hóa dự kiến bán vào thị trường nội địa.
• Phối hợp với đơn vị logistics và tư vấn hải quan để lựa chọn phương án phù hợp ngay từ đầu.